Призрак в доспехах: У истоков

2027 год ознаменован тем, что к концу подошла четвертая неатомная война. События аниме "Призрак в доспехах: У истоков" рассказывают о городе Ньюпорт-Сити, где взрывается большая бомба, унося за собой жизни многих людей, в том числе и торговца оружием, который был как-то тайно связан с секретной организацией 501. Агенты службы безопасности Арамаки берет на службу хакера по имени Мотоко Кусанаги, чтобы тот помог ему разобраться в запутанном деле. Однако, сам детектив Тогуса подозревает Кусанаги в связях с преступниками, а также считает, что серия убийств проституток тоже как-то связана со взрывом. Также за Кусанаги следит полковник из той самой 501.